A Flona Caxiuanã foi criada em 1961, sendo a Flona mais antiga da Amazônia brasileira e a 2ª mais antiga do Brasil. Seus recursos naturais servem atualmente ao agroextrativismo de subsistência, manejo florestal sustentável e à pesquisa científica com o apoio da Estação Científica Ferreira Penna, possuindo, além disso um grande potencial para o desenvolvimento do turismo comunitário e ecoturismo. Sua gestão é de responsabilidade do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) que fica localizado no município de Breves (PA). A Floresta Nacional de Caxiuanã está localizada nos municípios de Portel e Melgaço, na mesorregião do Marajó, no Estado do Pará. Ela se situa a 300 km da capital paraense, Belém, às margens da Baía de Caxiuanã, entre os rios Tocantins e Xingu. Essa baía é um alargamento do baixo rio Anapu, que deságua no estuário do rio Amazonas, e foi essa belíssima baía que inspirou o batismo da 1ª Flona criada na Amazônia Legal brasileira.
Esta unidade de conservação foi criada com base na recomendação de pesquisadores da Organização das Nações Unidas para a Agricultura e a Alimentação (FAO), que realizaram uma expedição pelo rio Amazonas, em 1958, que tinha como objetivo identificar algumas áreas potenciais para serem protegidas. Assim, os pesquisadores enviaram, em 1959, uma recomendação ao Brasil indicando a criação de três Unidades de Conservação. As Unidades de Conservação sugeridas foram: Flona Tapajós, Flona Trombetas e Flona de Caxiuanã. Curiosamente, tal recomendação indicava a criação da Flona de Caxiuanã como prioritária. Nessa época, as Unidades de Conservação do Brasil eram administradas pelas Agências do Departamento de Recursos Naturais Renováveis (DRNR), do Ministério da Agricultura. Em 1961, ocorreu a criação da Floresta Nacional de Caxiuanã, por meio do Decreto Federal nº194 de 22/11/61 que foi alguns dias depois modificado pelo Decreto nº 239 de 28/11/61. A Flona ficava vinculada ao Serviço Florestal do Ministério da Agricultura. Esses Decretos foram assinados por Tancredo de Almeida Neves, que na época era Presidente do Conselho dos Ministros (fase em que o Brasil tinha regime Parlamentarista). O primeiro decreto previa que o Serviço Florestal entraria em entendimentos com o Governo do Estado do Pará a fim de receber a escritura de doação da área e, quando o caso, da desapropriação das terras pertencentes a proprietários particulares. A partir de então, iniciaram as ações de implantação da Flona de Caxiuanã. O decreto previa a desapropriação das áreas, no entanto, os grupos familiares que viviam no interior da floresta lá permaneceram ainda durante muitos anos sem se darem conta de qualquer mudança.
O código de 1965 ampliou as definições de área protegida e previu proteções adicionais para a Amazônia, enfatizando a relação entre florestas e segurança nacional. Neste instrumento legal os guardas florestais ganharam poder de polícia e passaram a andar armados. Esse código proíbe a extração de produtos florestais sem que exista o respectivo plano de manejo florestal da área aprovado.
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